南京市中医院，是南京中医药大学第三附属医院，亦为南京肛肠病医院、南京市红十字中医医院。前身经历南京警察厅医务所、公安医院、直属医院等变迁，1956年正式组建并更名为南京市中医院。她座落在闻名海内外的夫子庙秦淮河畔，是一所集医疗、预防、科研、教学、保健、康复为一体和设备先进、技术雄厚、专科齐全、管理有序的三级甲等综合性中医医院。

医院开放床位达到600余张，医院现有高级卫技人员150余人，全国名中医药专家师承指导老师6人，省级名医11人，省级名中西医结合专家4人，南京市名中医、名中西医结合专家29人。教授、副教授、讲师160余人，博士、硕士导师20余人。

医院临床科室设置齐全，重点科室技术特色显著，现有国家级重点专科及学科2个：全国肛肠医疗中心、脑科;国家级重点专病1个：妇科的更年期综合征;省级重点中医专科6个：肛肠科、骨伤科、针灸科、脑血管病科、妇科、肿瘤科;市级重点中医专科7个：老年科、养生康复中心、急诊科、消化科、肿瘤科、肾脏科、心脏科、内分泌科，医院并设有中医药研究所和结直肠病研究所。

医院已经成为国家药物临床试验机构、南京中医药大学国际中医药教育实习培训基地、南京中医药大学国际针灸培训中心临床基地。现为中华中医药学会肛肠分会、江苏省中医脑病专业委员会、江苏省中医儿科专业委员会、南京中医药学会、南京针灸学会的挂靠单位。

据不完全统计，自1987年以来，医院获市局级以上中标课题33项，获市级以上科研成果16项，部级奖2项，省厅级奖5项，市级奖9项。其中“肛肠科信息资料计算机检索系统”获联合国技术信息促进系统中国分部颁发的“一九九四年联合国发明创新科技之星奖”，“DA-1型X射线骨矿密度分析系统”获国家中医药管理局科技进步二等奖。

获2007-2009年度市级文明单位称号,护理部先后被授予“全国首届中医护理先进集体”、“南京市护理质量控制管理检查”荣誉单位;肛肠科护理单元被授予“全国中医护理优秀科室”等荣誉称号,检验科获“巾帼文明标兵岗”称号,心血管科(十三病区)和药剂科饮片配方部喜获南京市“工人先锋号”等。

医院拥有众多高精尖医疗新设备，包括螺旋CT、DR、DSA、数字胃肠机、CR、彩超、高压氧舱和血透机等，其中万元以上医疗设备512台，医疗设备总价值达7000万元。