厦门市第二医院是一所具有专科特色的大型综合医院，始创于1898年的美国教会医院，至今已有112年的历史，百年沧桑铸就了“严谨、至善、团结、进去”的二院精神。1998年、2003年分别与海沧医院、集美医院合并，总部迁至集美，在厦门市六个行政区域中占据2个行政区域，是厦门岛外最大的惟一市属三级综合医院。

目前医院占地面积10.6万平方米，建筑面积6.66万平方米，其中集美总院一期占地约30000平方米，按现代理念设计施工的，功能齐全，布局合理，拥有一流的净化手术室、先进的高压灭菌供应室，并以色彩医院著称，体现人性关怀特点;集美总院二期病房于2004年立项，2005年开工建设，2007年竣工，占地面积约36000平方米，增加床位250张。目前两院区实际开放床位1000张，医院科室设置齐全，临床科室39个，医技科室15个。职工总数近 1400人，其中：专业技术人员占职工总数的84.7%;卫生技术人员专业技术人员总数的95.2%，医学博士、硕士占卫技人员总数的11.4%，其中有多名来自英、美、德、韩等海归博士及博士后。

2011年全院门急诊工作量944630人次，出院病人数32176人次，住院手术例数为8563例，门诊手术15915例，病床使用率92.57%，业务收入4.25亿。

医院专科特色突出，始终坚持贯彻名医、名科、名院的“三名”战略。现拥有一个市级医学中心(厦门市呼吸疾病诊治中心)和4个市级规划重点专科(职业病防治中毒救治、慢性肾衰诊疗、泌尿系结石诊治、妇科腔镜)。上述科室是医院重点发展和扶持的科室，在闽西南地区拥有较高知名度。根据医院中长期规划：呼吸内科、泌尿肾脏病诊治、心脑血管病诊治、ICU重症监护、影像诊断、创伤救治、中毒救治、多学科微创诊疗技术应用(腔镜技术)等作为医院重点发展和扶持的科室和专业，并保持技术优势。

2011年申报各类课题20项， 获得立项7项，其中省级1项、市厅级5项，区级1项。申报福建省科学技术奖3项，获奖1项;申报厦门市科技进步奖5项，获奖1项;申报福建省护理科学技术奖1项，获奖1项。

医院现拥有大型设备如GE双排、四排全身螺旋CT机各 1 台、GE1.5TMR、DR、数字X线摄影系统;数字化乳腺X光机;TCD;原装进口彩超 6 台;彩色多普勒超生仪;瑞典金宝系列血液透析机 15 台、连续肾替代一体机、中央水处理系统;全自动生化分析仪、全自动发光免疫分析仪;双频双脉冲激光碎石系统;荧光电子支气管镜;人工心肺机;麻醉手术室中央监护系统;ICU中央监护系统;透射电子显微镜;一体化腔镜手术室(全省惟一)，以及妇科、泌尿外科、神经外科、胸外科、骨科各专科系列的全套进口腔镜微创手术设备等。各类设备总价值约1.6亿。