南京医科大学第二附属医院(又名南京医科大学第二临床医学院、江苏省第二红十字医院、南京医科大学附属儿童医院)，是南京医科大学直属临床教学医院，是卫生部全科医师培训基地、卫生部消化内镜诊疗培训基地、卫生部妇科四级腔镜诊疗培训基地以及国家药物临床试验机构(12个专业)。医院的前身是南京市第四医院，1981年成为南京医学院第二附属医院，南京医学院附属儿童医院，后随南京医科大学的改名，改为南京医科大学第二附属医院，2007年单设南京医科大学第二临床医学院。2007年托管南京市第三医院(原南京铁路医院)，成立南京医科大学第二附属医院东院。2009年成为三级甲等综合医院。

医院共占地37523.8平方米，建筑面积79245.6平方米，开放床位1150张，年门诊量115万人次，出院病人4.4万人次。医院职工人数1968人，其中卫技人员1718人，高级职称304人，中级职称543人，博士生导师5人，硕士生导师54人，教授 9人，副教授49人;江苏省“突贡”人才3人，“双创”人才2名，特聘教授1人，特聘医学专家1位，“333工程”技术带头人13人，“六大人才高峰”项目资助14人，“兴卫工程”重点学科1项(共建)、领军人才(创新团队)3人、重点人才4人(2名共建)。

自 2007年3月，托管南京市三院(南原京铁路医院)成立东院后，医院拥有两个院区。医院先后将儿科、妇产科、肾脏内科、眼科等整建制搬迁至东院，本部重点发展消化科、普外科、全科医学等，初步形成本部以“大专科、大综合”、东院以“大专科、小综合”为特色的医疗格局，2009年7月，南京市卫生局将东院儿童医学中心挂牌成为南医大二附院儿童医院。

医院设有37个临床科室，15个教研室，消化内科、儿科、肾脏内科、妇产科、老年医学科、神经内科、内分泌科、普外科、肿瘤科为江苏省级临床重点专科。近五年，医院主要业务指标持续保持30%的增长，医院总收入由2008年3.62亿元增加至2012年9.58亿元;业务收入由3.24亿元增至9.08亿元;年门诊量由58.5万人次增至115万人次;出院病人由2.12万人次增至4.36万人次;平均住院天数由12.9天降至10.8天。医院有医技科室20余个，其中放射科、物理诊断科、放疗科、检验科、病理科人才济济、设施齐全。

医院坚持“要让病人满意，先让职工满意;态度决定一切，细节决定成败”的管理理念;坚持“服务病人、满意病人、感动病人”的服务理念;坚持 “2007-2015三个三年”的医院发展战略，医院正在积极建设一幢约5万平方米的医学综合楼，全面提升医、教、研各方面水平，努力将医院建成省属大型教学型综合性医院。

国家自然科学基金项目由零突破至14项，SCI论文由几篇到80余篇。

获江苏省卫生系统先进集体荣誉等称号。

拥有一批先进的医疗仪器设备，如核磁共振、64排CT、科研型螺旋CT、直线加速器、癫痫刀、激光碎石机、DSA、ECT、PACS系统、彩色超声仪、彩色经颅多普勒血流仪、24小时动态心电图、自动十二导心电图机、全自动生化分析仪、全自动电化学免疫发光仪、肿瘤超声聚焦刀、热疗仪等。