北京大学深圳医院原名“深圳市中心医院”，是深圳市政府投资4.5亿元人民币建成的现代化综合性医院。医院于1999年底建成开业，2001年9月，深圳市政府与北京大学、香港科技大学合作，医院更名为“北京大学深圳医院”和“北京大学深圳临床医学院”，纳入北京大学附属医院管理体系。

医院占地面积5.9万平方米，首期建筑面积10.8万平方米，编制病床800张，实际开放病床953张。医院总资产现已达到9.3亿元，拥有总价值超4.0亿元的现代化医疗设备。

医院现有员工近2000名。其中拥有副主任医师以上职称的高级技术人才近500名，硕士以上学位人员450名，有海外留学经历人员100名左右。

医院开设52个临床医技科室，其中1个国家级合作重点学科、1个省级重点实验室、1个省级特色医学专科、4个市级重点学科及实验室。医院开展的一大批医学高新技术和特色服务项目，吸引了深圳、香港、澳门以及周边地区的大批患者，还有来自全球36个国家和地区的外宾前来就诊。2012年医院年门急诊总量近 257万人次，年出院病人近4.5万人次，年手术量2.8万台次。

作为临床医学院，医院设立了内、外、妇、儿等二级教研室23个，三级教研室27个。年接收北京大学本科、研究生、临床实习生50多名，其他实习、进修人员 100多名。现已建立博士后科研工作站1个，博士培养点5个，硕士培养点37个，共有硕士、博士导师76名。

医院与北京大学、香港科技大学在技术和学术方面展开了广泛的交流与合作，逐步拓展对外交流渠道。医院与日本东京癌研病院建立了姊妹医院关系，并与国际知名的美国休斯顿医学中心、华盛顿大学医学中心、加利弗尼亚大学旧金山医学中心和法国尼斯医学中心建立了密切的交流合作关系，并多次互访增进合作。

目前，医院二期规划建设工程已经开工，发展规模进一步扩大，新建外科住院楼等医疗建筑群体，届时，医院总建筑面积达21.1万平方米，病床总数达1200张，停车位816个。

“仁心仁术，博学博爱”。伴随这一使命和责任的传承，年轻的北京大学深圳医院将在“同享医学成果，共度健康人生”的路上，执着、坚定地不断前进!

现承担10多项国家、省自然科学基金项目，630多项国家、省部、市级科研课题，并获得多项国家、省、市科技成果和国家专利。

2000年执行《深圳市基本医疗管理制度》《深圳市常见疾病诊疗规范》优秀单位;2000年度消防工作先进单位;2000年度行业最佳卫生单位、支持残疾人事业卓越奖;2001年度深圳市卫生工作先进单位;2001年深圳市卫生系统行风建设先进集体;2001年度福田区物业管理优秀院所园林式花园式达标单位(小区);2001年深圳市卫生系统医疗卫生服务价格管理先进单位;2001年深圳市航空应急医疗救援演习优秀单位;2002年度卫生宣传先进单位;2002年度深圳市卫生工作先进单位;2002年度医疗保险优秀服务先进单位;2002年度深圳市行业卫生标兵单位;2002年度儿童保健先进单位;2002年度消防工作先进单位，广东省抗击“非典”先进单位，深圳市抗击“非典”先进单位(集体);2002年北京大学深圳医院荣获深圳市首家医疗机构“计量信得过单位”荣誉称号;2003年北京大学深圳医院被授予“深圳市首家绿色医院”荣誉称号;2003年北京大学深圳医院护理系统通过ISO9001质量管理体系认证;2004年度深圳市医疗服务质量整体评估第二名;2005年度深圳市医疗服务质量整体评估第一名;2006度深圳市医疗服务质量整体评估第一名;2007度深圳市医疗服务质量整体评估第一名;2007年12月获全国首批卫生部"数字化医院试点示范单位"称号。2008年度全市医疗质量评估考核满意度调查列全市“三级医院”之首;2008年度深圳市药品不良反应监测先进单位。

拥有凝血仪、全自动化学发光免疫分析仪、尿液全自动分析流水线、全自动粪便分析系统、核酸提取仪、手足型光疗仪、紫外线光疗仪、一体式高能窄谱红蓝光治疗仪、高频电刀、肾蒂阻断钳、PEM心理健康管理系统、彩超ACUSON ANTARES等先进设备。