北京大学第三医院(简称“北医三院”)始建于1958年，是卫生部部管的集医疗、教学、科研和预防保健为一体的现代化综合性三级甲等医院。现有在职职工2447人，开放床位1463张。医院设有34个临床科室、11个医技科室。拥有28个博士点、1个临床博士后流动站。在岗博士生导师55人，中科院院士1人、国家自然科学基金杰出青年基金获得者1人、科技部“973”首席科学家1人、教育部 “长江学者特聘教授”2人，1人入选国家级“新世纪百千万人才工程”。

骨科、药剂科(临床药学)、病理科、专科护理、检验科、消化科、妇科、产科、职业病科、耳鼻喉科、心血管分子生物学与调节肽重点实验室、呼吸内科、神经内科、普通外科、泌尿外科、眼科、麻醉科等十七个专科入选国家临床重点专科建设项目。

北医三院拥有国内最强的脊柱外科和中国大陆成立最早、亚洲最大的生殖医学中心之一，中国大陆首例试管婴儿在此诞生。运动医学研究所是中国最早成立、国内唯一的中国奥委会指定运动员伤病防治中心。眼科在眼外伤及眼科疑难重症的诊治方面处于国内领先水平;消化科在溃疡病发病机制研究及治疗、早期胃癌的诊疗等领域居国内前列;心血管内科在冠心病介入治疗、急性心肌梗死“绿色通道”及临床与基础协调发展等方面居国内一流水平;成形科、职业病科是国内率先成立的临床特色学科。

2012年，年门急诊量达350万余人次，年出院患者6.5万余人次，年手术量达4.4万余例次，平均住院日为6.62天，各项主要管理指标达先进水平，多次受到卫生部和北京市卫生局的表彰。在北医三院住院患者中，三分之一以上是来自全国各地的疑难杂症患者。

北医三院拥有16个北京市专科医师培训基地、11个卫生部亚专科医师培训基地、5个北京市住院医师规范化培训技能考核中心和6个卫生部内镜诊疗技术培训基地。作为北京大学临床医学院，每年1000余名医学生、300余名博士生、硕士生在此进入临床学习。同时，还承担着千余名进修医生和近200名北京市住院医师规范化培训任务。每年40个左右的国家级继续教育项目吸引了全国各地3000余名学员。

北医三院拥有骨科、运动医学研究所、妇产科3个教育部创新团队;拥有辅助生殖、心血管研究所和眼科3个教育部重点实验室;目前，32人次任主要系列学术兼职(二级分会主委或副主委)，涉及18个科室;29人次在中国科技论文统计源期刊收录杂志任主编或副主编，涉及15个科室。

2008年：临床与应用基础研究，高等学校科学技术进步一等奖;肌萎缩侧索硬化/运动神经元病的基础与临床研究，高等学校科学技术进步一等奖;关节运动损伤的临床与基础系列研究，中国体育科学学会科学技术奖一等奖;玻璃化冷冻兔及人卵母细胞的研究及首例三冻试管婴儿诞生，北京市科技进步三等奖;肌萎缩侧索硬化/运动神经元病的基础与临床研究，北京市科技进步三等奖;基因治疗和组织工程治疗难治性运动创伤，北京市科技进步三等奖;高同型半胱氨酸血症加速动脉粥样硬化发生的免疫机制，北京市科技进步三等奖;高同型半胱氨酸血症加速动脉粥样硬化发生的免疫机制，中华医学科技二等奖;耳鸣发病机制—中枢神经系统神经递质及离子通道可塑性研究，中华医学科技三等奖;肌萎缩侧索硬化/运动神经元病的基础与临床研究，中华医学科技三等奖;中国女医师协会五洲女子科技奖，临床医学科研创新奖;系统性红斑狼疮免疫病理机制及临床应用，四川省科学技术三等奖(第二完成单位);血清阴性脊柱关节病发病机制、诊断及治疗研究，四川省科学技术一等奖(第三完成单位)。2009年：生殖和精子库的关键技术及其在生殖健康中的应用，国家科学技术进步二等奖(第二完成单位);气流阻塞性疾病的临床和基础研究，中华医学科技三等奖。

医院连续多年荣获多项荣誉。荣获全国卫生文化建设先进单位、全国医药卫生系统先进集体，全国医药卫生系统创先争优活动先进集体;被中华全国总工会授予“模范职工之家”称号;荣获中国医院协会首届“医院创新科技奖”三等奖;被卫生部评为2010年全国优质护理服务考核优秀医院;荣获卫生部全国公立医院“2011年度医院改革创新奖”;2012年，医院荣获北京市DRGs付费试点工作单项奖、卫生信息化推进优秀奖、北京市药品不良反应监测工作和医疗器械不良事件监测工作先进单位;“手术室关键资源协同优化与高效管理”项目荣获中国医院协会医院科技创新奖三等奖;药物临床试验机构荣获北京市科委授予的“北京生物医药产业跨越发展工程最佳临床药理基地”称号。由神经内科牵头的北京大学“神经内科学”课程被评为国家级精品课程，神经内科、心血管内科、眼科、运动医学研究所、药剂科等荣获“国家级青年文明号”荣誉称号。

拥有GE Signa HDx 3.0T MRI磁共振仪、GE Discovery MR 750 3.0T共振仪、Simens Biograph 64型PET/CT、Simens 炫速双源CT、GE 宝石能谱CT、瓦里安 直线加速器 Trilogy TM、我院医学装备发展new、放射影像设备、磁共振成像仪(MRI)、超声影像设备、内窥镜系统、康复理疗设备、血液透析装置、监护及抢救设备、手术室配套装备、临床检验设备、电生理检测设备等。